Structure #179372

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr8
Strand	-
Position	66,073,126 - 66,073,241
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	92.21
Columns	120
Mean single MFE	-34.08
Consensus MFE	-29.02
Combinations/base pair	36 / 34 = 1.06
SCI	0.85
z-score	-1.93
RNA class probability	0.873101

This structure is part of cluster 99719

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  92.21
 Mean single sequence MFE: -34.08
 Consensus MFE: -29.02
 Energy contribution: -29.15
 Covariance contribution:   0.13
 Mean z-score:  -1.93
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   0.88
 SVM RNA-class probability: 0.873101
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr8/66073241-66073126
CCCAGCACCCAGUACACACAAUUACUGCAUUUGCAUGUGUAAAUUGGGUAAUGGCGUGCCUAUCAGAUUUGUAUGUGAAAAUGCUAUCAGCAUAUGCACUAUUGGUUGUGUGCCC
......(((((((..(((((.....(((....))))))))..)))))))...((((..(..(((((...((((((((....((....)).))))))))...))))).)..)))). ( -34.80)
>canFam1.chr29/17773866-17773746
CCUGAGCACCCAGUGCACACAAUUACUGCAUUUGCAUGUGUAAAUUGGGUAAUGGCGUGCCUAACUAUCAGAUUUGUAUGUGAAAAUGCCAUCAGCAUAUGCAGUAUUGGUUGUGUGCCC
.(((......))).(((((((((((((((((.((((((.(((..(((((((......)))))))...(((.((....)).)))...))))))..))).))))))))...))))))))).. ( -39.20)
>mm5.chr3/18116206-18116086
CAGGAACCCCCAGUACACACAAUUACAGCAUUUGCAUGUGUAAAUUGGGUAAUGGCGUGUCUAACUAUCAGAUUUGUAUGUGAAAAUGCUAUCAGCAUAUGCACUAUUGGUUGUGUGCCC
..((.....))....((((((((((.(((((((.((((((((((((.((((..((....))....)))).)))))))))))).)))))))....((....)).....))))))))))... ( -30.50)
>rn3.chr2/103458064-103457945
CCCCACCCCCAGUACACACAAUUACUGCAUUUGCAUGUGUAAAUUGGGUAAUGGCGUGCUUAACUAUCAGAUUUGUAUGUGAAAAUGCUAUCGGCAUAUGCACUAUUGGUUGUGUGCCC
.......((((((..(((((.....(((....))))))))..))))))....((((..(..(((((..((...((((((((.............))))))))))..))))))..)))). ( -31.82)
>consensus
CCC_AACACCCAGUACACACAAUUACUGCAUUUGCAUGUGUAAAUUGGGUAAUGGCGUGCCUAACUAUCAGAUUUGUAUGUGAAAAUGCUAUCAGCAUAUGCACUAUUGGUUGUGUGCCC
........((((((..(((((.....(((....))))))))..))))))....((((..(......(((((...((((((((....((....)).))))))))...))))).)..)))). (-29.02 = -29.15 +   0.13)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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