Structure #183238

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr8
Strand +
Position 128,168,688 - 128,168,808
Number of sequences 5
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity 82.87
Columns 120
Mean single MFE -56.18
Consensus MFE -39.9
Combinations/base pair 49 / 36 = 1.36
SCI 0.71
z-score -4.13
RNA class probability 0.9988

This structure is part of cluster 101980

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.87
 Mean single sequence MFE: -56.18
 Consensus MFE: -39.90
 Energy contribution: -39.14
 Covariance contribution:  -0.76
 Mean z-score:  -4.13
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   3.23
 SVM RNA-class probability: 0.998800
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr8/128168688-128168808
AGAAGGAGACCGUCGCCUUCUGGUGGGUGGUGGGGAUGGACUUCUCCUCCGUCUACCAUGAGGGGAAGUCUCUUUUUGGUGCUUUCGUGGUGAUGGAGAAGCACUCCGGGAAGGGGAAUG
((((((((((..((.((((.((((((..((.(((((......))))).))..)))))).)))).)).))))))))))....(((((.(((.(.((......))).))).)))))...... ( -53.20)
>canFam1.chr25/940-822
AGAAGGGGAACGUCGCCUUCUGGUGGGUGGUGGGGAAGGACUCCUCCUCCGUCUACCACGAGGCGAAGUCUCUUUCUGGGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGGGGAGGGAAUG
(((((((((...(((((((.((((((..((.(((((.....))).)).))..)))))).)))))))..))))))))).(.(((((.(.....).))))).).(((....)))...... ( -56.40)
>mm5.chr4/831-950
AGAAGGAGACCUUCGCCUUCUGGCAGGAGGGGGAGAGGGACUUCUCCUCCUUCUACUAGAGGGGAAGUCUCUUUCUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGAGAAGGGGAAUG
((((((((((.(((.((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))))))))))))))))))).((.(((((.(.....).))))))).((((.....)))).... ( -63.80)
>rn3.chr5/837-956
AGAAGGAGAUCGUCGUCUUCUGGCAGGAGGUGGGGAAGGACUUCUCCUCCUUCUACUAGAGGGGAAGUCUCUUUUUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGAGAAGGAGAAUG
((((((((((..((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))))))))).)))))))))).((.(((((.(.....).))))))).((((.....)))).... ( -52.20)
>galGal2.chr23/702-819
GGAAGGAGAGCGCCGUCGGCGGGCAGGUGGGGGGGAUGGGCUCCUCCUCCUCCUACGAGGGGAAGGCUCCUUCUGUCGUUUCCGUGGGGAUGGUGAUGGACUGCGGGAAUGGGAAUG
((((((((..(.((.(((..(((.(((.(((((((.....))))))).)))))).))).)))....)))))))).(((((((((..(.............)..)))))))))..... ( -55.32)
>consensus
AGAAGGAGACCGUCGCCUUCUGGCAGGUGGUGGGGAAGGACUUCUCCUCCUUCUACCA_GAGGGGAAGUCUCUUUCUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGGGAAGGGGAAUG
(((((((((...((.((((.(((.((((((.((((........)))).)))))).))).)))).))..))))))))).....(((((..(((.........)))..)))))......... (-39.90 = -39.14 +  -0.76) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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