Structure #183238
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr8 |
Strand | + |
Position | 128,168,688 - 128,168,808 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 82.87 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -56.18 |
Consensus MFE | -39.9 |
Combinations/base pair | 49 / 36 = 1.36 |
SCI | 0.71 |
z-score | -4.13 |
RNA class probability | 0.9988 |
This structure is part of cluster 101980
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.87 Mean single sequence MFE: -56.18 Consensus MFE: -39.90 Energy contribution: -39.14 Covariance contribution: -0.76 Mean z-score: -4.13 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 3.23 SVM RNA-class probability: 0.998800 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr8/128168688-128168808 AGAAGGAGACCGUCGCCUUCUGGUGGGUGGUGGGGAUGGACUUCUCCUCCGUCUACCAUGAGGGGAAGUCUCUUUUUGGUGCUUUCGUGGUGAUGGAGAAGCACUCCGGGAAGGGGAAUG ((((((((((..((.((((.((((((..((.(((((......))))).))..)))))).)))).)).))))))))))....(((((.(((.(.((......))).))).)))))...... ( -53.20) >canFam1.chr25/940-822 AGAAGGGGAACGUCGCCUUCUGGUGGGUGGUGGGGAAGGACUCCUCCUCCGUCUACCACGAGGCGAAGUCUCUUUCUGGGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGGGGAGGGAAUG (((((((((...(((((((.((((((..((.(((((.....))).)).))..)))))).)))))))..))))))))).(.(((((.(.....).))))).).(((....)))...... ( -56.40) >mm5.chr4/831-950 AGAAGGAGACCUUCGCCUUCUGGCAGGAGGGGGAGAGGGACUUCUCCUCCUUCUACUAGAGGGGAAGUCUCUUUCUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGAGAAGGGGAAUG ((((((((((.(((.((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))))))))))))))))))).((.(((((.(.....).))))))).((((.....)))).... ( -63.80) >rn3.chr5/837-956 AGAAGGAGAUCGUCGUCUUCUGGCAGGAGGUGGGGAAGGACUUCUCCUCCUUCUACUAGAGGGGAAGUCUCUUUUUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGAGAAGGAGAAUG ((((((((((..((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))))))))).)))))))))).((.(((((.(.....).))))))).((((.....)))).... ( -52.20) >galGal2.chr23/702-819 GGAAGGAGAGCGCCGUCGGCGGGCAGGUGGGGGGGAUGGGCUCCUCCUCCUCCUACGAGGGGAAGGCUCCUUCUGUCGUUUCCGUGGGGAUGGUGAUGGACUGCGGGAAUGGGAAUG ((((((((..(.((.(((..(((.(((.(((((((.....))))))).)))))).))).)))....)))))))).(((((((((..(.............)..)))))))))..... ( -55.32) >consensus AGAAGGAGACCGUCGCCUUCUGGCAGGUGGUGGGGAAGGACUUCUCCUCCUUCUACCA_GAGGGGAAGUCUCUUUCUGGCGCUUUCGAGGUGAUGGAGAGGCACUCCGGGAAGGGGAAUG (((((((((...((.((((.(((.((((((.((((........)))).)))))).))).)))).))..))))))))).....(((((..(((.........)))..)))))......... (-39.90 = -39.14 + -0.76)