Structure #189483
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr9 |
| Strand | - |
| Position | 92,134,300 - 92,134,438 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 74.12 |
| Columns | 160 |
| Mean single MFE | -52.86 |
| Consensus MFE | -43 |
| Combinations/base pair | 57 / 41 = 1.39 |
| SCI | 0.81 |
| z-score | -1.84 |
| RNA class probability | 0.992209 |
This structure is part of cluster 105502
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 160 Columns: 160 Strand: + Mean pairwise identity: 74.12 Mean single sequence MFE: -52.86 Consensus MFE: -43.00 Energy contribution: -41.88 Covariance contribution: -1.12 Mean z-score: -1.84 Structure conservation index: 0.81 SVM decision value: 2.31 SVM RNA-class probability: 0.992209 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr9/92134438-92134300 CUGUCCCUGCCCUGUGGUUGCUGGAUGCUGUUGUGCAUGGACAGCUCUCCAGUGGAUUCGAUGGGCCAUAGCAAUCCUGUGAUUUAUGCAUGGAGGCUGCUUCUCCUCAGCAGCUGCCAUAGCCCGGUCGCUGGUACA ((((((.(((.(.(..((........))..).).))).))))))....(((((((......((((((((((.....)))))........((((.(((((((.......))))))).)))).))))).))))))).... ( -52.00) >canFam1.chr1/23142642-23142789 CUGCUCCCCACACCCCAUGCCCUGUGGAUACUGGAUGCUGUUUGCAGGUACAGCUCUCCAGUGGAUGUGAAGGGCCAGAGCAAUCCUGUGAUUUAUGCAUGGGGGCUGUUUCUCCUCAGCAGCCGCCAUAGCCCGGUCACUGAUACA .((((((((.(((.((((.....)))).(((((((.(((((........)))))..)))))))...)))..)))...)))))(((..((((((...((((((.(((((((.......))))))).)))).))..)))))).)))... ( -57.90) >mm5.chr13/67277179-67277336 CUGCCCCCCACCCCCACCCCCCAAACUGCCCUGUGGUUGCUGGAGGCUGUUGUGCAGGUACGGUUCUCCAGUGGAUACAAUGGGCUAGAAAAACCCUGUGAUUUAUGCAUGGGAGCUGUUUCUUCUCAGCAGCUGCCAUAGCCCGGUCAUUGGUACA .........................((((((((((.(..(((((((((((.........)))).)))))))..).))))..)))).))....(((..((((((...((((((.(((((((.......))))))).)))).))..)))))).)))... ( -53.40) >rn3.chr17/20940180-20940038 CUGCCCCCCACCGCCCUGUGGUUGCUGGAGGCUGUUGUGCCAGUACAGUUCUCCAGUGGAUACAAUGGGCUAGAAAAACCCUUUGAUUUAUGCAUGGGAGCUGCUUCUUCUCAGCAGCUGCCAUAGCCCGGUCAUUGGUACA ((((((.((((......))))(..(((((((((((.........)))).)))))))..).......)))).))......((..(((((...((((((.(((((((.......))))))).)))).))..)))))..)).... ( -55.10) >galGal2.chr12/16251906-16252039 UGGCCUGUGGUUACUGGACACUGGUUUGUGUGUGCAGUGCUUCAGUUGGAAGAAAUGGCCCAAAAGUGAUACUGUGAUUUACGCAUGGAGUCUGUGAUGUGUGAGCAGCUUCCAUAGCCCGGUCACAGUUACA .((((......(((((.((((........)))).)))))((((.....))))....)))).....(((..(((((((((...((((((((.((((.........)))).)))))).))..)))))))))))). ( -45.90) >consensus CUGCCCCCCAC________________UGCCCUGUGGUUGCUGGAGGCUGUUGUGCAGGUACAGUUCUCCAGU_GGAUACAAUGGGCCAGA_GAAAUCCUGUGAUUUAUGCAUGGGGGCUGUUUCUUCUCAGCAGCUGCCAUAGCCCGGUCACUGGUACA ............................((((((((...((((((((((((.........)))))).))))))....))))..))))..........((.((((((...((((((.(((((((.......))))))).)))).))..)))))).)).... (-43.00 = -41.88 + -1.12)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
