Structure #192497
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr9 |
| Strand | - |
| Position | 125,537,083 - 125,537,186 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
| Mean pairwise identity | 77.8 |
| Columns | 118 |
| Mean single MFE | -26.46 |
| Consensus MFE | -12.35 |
| Combinations/base pair | 36 / 28 = 1.29 |
| SCI | 0.47 |
| z-score | -2.01 |
| RNA class probability | 0.746031 |
This structure is part of cluster 107113
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 118 Columns: 118 Strand: + Mean pairwise identity: 77.80 Mean single sequence MFE: -26.46 Consensus MFE: -12.35 Energy contribution: -11.99 Covariance contribution: -0.36 Mean z-score: -2.01 Structure conservation index: 0.47 SVM decision value: 0.46 SVM RNA-class probability: 0.746031 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr9/125537186-125537083 ACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUAUAUUGAUAGAAUGCUCUUUACCGGCGUGGGGUGAGAUACAGAUUUGUCUGCUCUAAUUUAUAA .(((((((((....)))))))))(((((((.((((((((...........(((((.......)))))..)))))))).((((....))))..))))))).... ( -23.92) >canFam1.chr9/3624156-3624259 ACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUGUAUUGAUAGAAUGCUCUUUACCGGCGUGGGGCUAGAUACAGAUUUGUCUGCCCUAAUUUAUAA .(((((((((....))))))))).((..((((((...((((....))))))))))..)).......((((((.(((((......)))))))))))........ ( -27.20) >mm5.chr2/147310161-147310264 ACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUAUAUUGAUAGAAUGCUCUUUACUGGUGUGGGGCUAGAUACAGAUUUGUCUGCCCUAAUUUAUAA .(((((((((....))))))))).((..((((((...((((....))))))))))..)).......((((((.(((((......)))))))))))........ ( -27.20) >galGal2.chr17/9903080-9903183 ACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUAUAUUGAUAGAAUGCUCUUUGCAGGCGUGAUUCUAGUUACGGAUUUGUCUGCCCUAAUUUAUAA ((((....))))(((.(((((((.((..((((((...((((....))))))))))..))(((((((.(((((.......))))))))))))))))))).))). ( -26.60) >danRer1.chrNA/317845702-317845591 ACCUAAUUAGCUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUACUGAUAGAGUGGCUUGUUUAGUGAGGGGUGGAGUGGAGUUCCAGUGGAGUAAGUUACCAGUGUGUUGCUUUAAAA .(((((((((....))))))))).....((((..(((((.....(((((((((((.....((..(........)..))....))))))))))))))))...))))...... ( -27.40) >consensus ACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUAUAUUGAUAGAAUGCUCUUUACCGGCGUGGGGCUAGAUACAGAUU_____________UGUC__UGCCCUAAUUUAUAA .(((((((((....)))))))))((((((((((((.............))))))........((((...(((..........................)))..)))).)))))).... (-12.35 = -11.99 + -0.36)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
