Structure #192501

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr9
Strand	-
Position	125,537,146 - 125,537,265
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity	90.08
Columns	120
Mean single MFE	-27.92
Consensus MFE	-24.74
Combinations/base pair	29 / 27 = 1.07
SCI	0.89
z-score	-1.46
RNA class probability	0.709346

This structure is part of cluster 107113

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  90.08
 Mean single sequence MFE: -27.92
 Consensus MFE: -24.74
 Energy contribution: -24.63
 Covariance contribution:  -0.11
 Mean z-score:  -1.46
 Structure conservation index:   0.89
 SVM decision value:   0.37
 SVM RNA-class probability: 0.709346
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr9/125537265-125537146
AAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUUGUCAUAUUUCAUUUCGGCAUCCCUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUA
....(((.((.(((((((..........(((((......)))))..........))))..))).))....))).(((((.(((((((((....))))))))).)))))........... ( -27.55)
>canFam1.chr9/3624219-3624338
AAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUUGUCAUAUUUCAUUUCGGCAUCCCUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUG
....(((.((.(((((((..........(((((......)))))..........))))..))).))....))).(((((.(((((((((....))))))))).)))))........... ( -27.55)
>rn3.chr3/157625212-157625331
AAAAGGCCCACAGGUGCCACAUAAAGAGGUGACCAUGUUGUCAUAUUUCAUUUCGGCAUCCCUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUA
....(((.((.(((((((..........(((((......)))))..........))))..))).))....))).(((((.(((((((((....))))))))).)))))........... ( -27.55)
>galGal2.chr17/9903143-9903262
AAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUUGUCAUAUUUCAUUUAGGCAUCCCUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUA
....(((.((.(((((((..........(((((......)))))..........))))..))).))....))).(((((.(((((((((....))))))))).)))))........... ( -27.55)
>danRer1.chrNA/317845782-317845666
AAAGGGGCCCACAGGUGUCUCAGAAAGCAGUGACUGUGUUGUCAUAAUUCAUUUAGGCAUCCUUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGCUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUU
...(((((((...)).))))).....((.(((((......)))))..........(((.............))).(((((.(((((((((....))))))))).))))))).... ( -28.82)
>fr1.chrUn/301217926-301218038
AAAAGACCCACAGGUGCUGUAGAAAGUGACUGUGUUGUCAUAUUUCAUUUAGGCAUCCUUCUGCAAAGCUGUAAUUGCCUAAUUAGCUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUU
....(((.(((((..(((......)))..)))))..))).............(((......)))...((((..((..(((((((((....)))))))))..)))))).... ( -28.50)
>consensus
AAAAGG_CCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUUGUCAUAUUUCAUUUAGGCAUCCCUCUGCAAAGCCAUAAUUACCUAAUUAGGUUGUUAAUUAGGAGAUUAGCAUUUCACUA
.............((((((..........(((((......)))))..........))))))..........((..(((((.(((((((((....))))))))).)))))))......... (-24.74 = -24.63 +  -0.11) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

[PS | PDF]

Montain plot

[PS | PDF]

Dotplot

[PS | PDF]