Structure #192504

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr9
Strand	+
Position	125,537,226 - 125,537,345
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	93.78
Columns	119
Mean single MFE	-33
Consensus MFE	-28.22
Combinations/base pair	39 / 35 = 1.11
SCI	0.86
z-score	-2.48
RNA class probability	0.99804

This structure is part of cluster 107113

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 119
 Columns: 119
 Strand: +
û
`?w
 Mean pairwise identity:  93.78
 Mean single sequence MFE: -33.00
 Consensus MFE: -28.22
 Energy contribution: -27.86
 Covariance contribution:  -0.36
 Mean z-score:  -2.48
 Structure conservation index:   0.86
 SVM decision value:   2.99
 SVM RNA-class probability: 0.998040
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr9/125537226-125537345
AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUAUACAGA
......(.(((.(((((..((((((.(((..........))).))))))...)))))))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))......... ( -28.80)
>canFam1.chr9/3624418-3624299
AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAUAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUAUACAGA
............(((.(((((.((((((((((((.......))).......))))).))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))))))).))) ( -28.31)
>mm5.chr2/147310423-147310304
AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUCCUGAAGAGUGCAGUAUCAAUUUGAGCAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA
......((((..........))))..(((((.((((((((((........)))))))).))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))...))))). ( -33.90)
>rn3.chr3/157625411-157625292
AACAUGGUCACCUCUUUAUGUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUCCUGAAGAGUGCAGUAUCAAUUUGAGCGGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA
......(((((........)))))..(((((.((((((((((........)))))))).))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))...))))). ( -36.80)
>galGal2.chr17/9903342-9903223
AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCACUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGUUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAUUGCACUGA
.(((.(((..((.........)).))))))....((((.(((......))).))))((((((((((((...((((.(((((((((....)))))))))))))...)))))))))))).. ( -37.20)
>consensus
AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA
......(.(((.(((((..((((((.(((..........))).))))))...)))))))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))......... (-28.22 = -27.86 +  -0.36) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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