Structure #192505

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr9
Strand	-
Position	125,537,226 - 125,537,345
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	93.78
Columns	119
Mean single MFE	-30.8
Consensus MFE	-25.9
Combinations/base pair	37 / 35 = 1.06
SCI	0.84
z-score	-2.04
RNA class probability	0.98162

This structure is part of cluster 107113

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 119
 Columns: 119
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  93.78
 Mean single sequence MFE: -30.80
 Consensus MFE: -25.90
 Energy contribution: -26.38
 Covariance contribution:   0.48
 Mean z-score:  -2.04
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   1.89
 SVM RNA-class probability: 0.981620
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr9/125537345-125537226
UCUGUAUAUUAUCAGAAUGAAAAAUGACAGCACUUUGUCAUCUGUUCAAAUUGAUAUUGCACUCUUUGCAAUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUU
(((.(((((..((((..((((..(((((((....)))))))...))))..(((.(((((((.....))))))).)))))))...(((((...)).)))))))).)))(....)...... ( -29.20)
>canFam1.chr9/3624299-3624418
UCUGUAUAUUAUCAGAAUGAAAAAUGACAGCACUUUGUCAUCUGUUCAAAUUGAUAUUGCACUCUAUGCAAUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUU
(((.(((((..((((..((((..(((((((....)))))))...))))..(((.(((((((.....))))))).)))))))...(((((...)).)))))))).)))(....)...... ( -29.10)
>mm5.chr2/147310304-147310423
UCUGUGUAUUAUCAGAAUGAAAAAUGACAGCACUUUGUCAUCUGCUCAAAUUGAUACUGCACUCUUCAGGAUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUU
...(((((.((((((..(((.(.(((((((....))))))).)..)))..)))))).)))))..(((((........)))))..(((((...)).))).......(.(....))..... ( -28.40)
>rn3.chr3/157625292-157625411
UCUGUGUAUUAUCAGAAUGAAAAAUGACAGCACUUUGUCAUCCGCUCAAAUUGAUACUGCACUCUUCAGGAUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCACAUAAAGAGGUGACCAUGUU
...(((((.((((((..(((...(((((((....)))))))....)))..)))))).)))))..(((((........)))))..(((((...)).))).......(.(....))..... ( -28.10)
>galGal2.chr17/9903223-9903342
UCAGUGCAAUAUCAGAAUGAAAAAUGACAACACUUUGUCAUCUGUUCAAAUUGAUAUUGCACUCUUUGCAGUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUU
...((((((((((((..((((..(((((((....)))))))...))))..))))))))))))((((((((((....))))....(((((...)).)))...))))))(....)...... ( -39.20)
>consensus
UCUGUGUAUUAUCAGAAUGAAAAAUGACAGCACUUUGUCAUCUGUUCAAAUUGAUAUUGCACUCUUUGCAAUGACAGCUGAAAAGGCCCACAGGUGCCAUAUAAAGAGGUGACCAUGUU
...(((((.((((((..((((..(((((((....)))))))...))))..)))))).)))))..........(((((((.....))).....((((((.........))).))).)))) (-25.90 = -26.38 +   0.48) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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