Structure #196268
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 39,527,756 - 39,527,861 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.66 |
Columns | 107 |
Mean single MFE | -44.73 |
Consensus MFE | -34.2 |
Combinations/base pair | 45 / 34 = 1.32 |
SCI | 0.76 |
z-score | -2.22 |
RNA class probability | 0.967603 |
This structure is part of cluster 109240
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 107 Columns: 107 Strand: + Mean pairwise identity: 80.66 Mean single sequence MFE: -44.72 Consensus MFE: -34.20 Energy contribution: -34.95 Covariance contribution: 0.75 Mean z-score: -2.22 Structure conservation index: 0.76 SVM decision value: 1.61 SVM RNA-class probability: 0.967603 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/39527861-39527756 UGAGGCUGGUGGAUGCUAGCCAGAGAGGGCCCUAGGUUGCAUCAGGGAACCGUCUGCAAAUCUGUGCAGAGGGCGAUGGCGUGGGGGUGGCUUUCUUGUGGGGAG ...(((((((....))))))).(((((((((((...(..(..((.....((.((((((......)))))).))...))..)..).)).)))))))))........ ( -41.20) >mm5.chrX/10231832-10231726 UGAGGCUGGUGGCUGCCAGCCAGCCAGGGCCCUCAAUCACAUUAGGGAGCCAUCUACAAAUCUCCCUGCAGGGGGUGGCGGCUGUGGGAUGCUUUCCUGUAGGGAG ...(((((((((...))).))))))..(((((..(((...)))..)).)))..........(((((((((((((..((((.(.....).))))))))))))))))) ( -46.40) >rn3.chrX/137729105-137729211 UGAGGCUGGUGGCUGCCAGCCAGGCAGGGCCCUCAAUCACAUUAGGGAGCCAUCUACAAAUCUCCCUGCAGGAGGUGGCGGCUGUGGGAUGCUUUCCUGUAGGGAG ...(((((((....))))))).(((....((((..........)))).)))..........(((((((((((((..((((.(.....).))))))))))))))))) ( -47.80) >canFam1.chrX/34313195-34313093 UGAGGCUGGUGGAUGCCAGCCAGGGAGGGUCUUAGAUCAGGGAGCCAUCUGCAAAUCUUCGUGCAGGGGGUGGUGGCCUGAGGGCAGCUUUCCUGAGGGGAG ...(((((((....))))))).((((((((......(((((..((((((((((........)))))...)))))..))))).....))))))))........ ( -43.50) >consensus UGAGGCUGGUGGAUGCCAGCCAGGCAGGGCCCUAAAUCACAUCAGGGAGCCAUCUACAAAUCUCCCUGCAGGGGGUGGCGGC_UGUGGGAUGCUUUCCUGUAGGGAG ...(((((((....))))))).....((.((((.((.....))))))..))..........(((((((((((((..((((((......))))))))))))))))))) (-34.20 = -34.95 + 0.75)