Structure #196480

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	40,105,701 - 40,105,816
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	77.59
Columns	120
Mean single MFE	-41.73
Consensus MFE	-28.29
Combinations/base pair	49 / 36 = 1.36
SCI	0.68
z-score	-2.56
RNA class probability	0.996204

This structure is part of cluster 109341

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  77.59
 Mean single sequence MFE: -41.73
 Consensus MFE: -28.29
 Energy contribution: -29.73
 Covariance contribution:   1.44
 Mean z-score:  -2.56
 Structure conservation index:   0.68
 SVM decision value:   2.67
 SVM RNA-class probability: 0.996204
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/40105701-40105816
UGAGGGUGGGAGGAAUUGGUGAGGAGGUUGGGAACAGAUCCAUGGUGAGCGCAGGGAGUGUUUUCUCUAAUUUGGUUUCUCUGCCCACUCAUGAACGCUUACAGUGUUUACCUGA
((((((..((((((((..(...(((((....(((((..(((...((....))..))).))))))))))...)..))))))))..)).))))(((((((.....)))))))..... ( -37.70)
>canFam1.chrX/34788771-34788890
UAGGAAGAGGGUGGAAGGAAUCAGUGAUGAGGCUGAGAACAGGCCCACGGAGGCACAGGCAGUGUUUUCUAUAAUUUGGUUCCUCUGCCCACUCACGAACACUUACAGUGUUUACCUGA
((((....(((..((.((((((((((....((((.......)))))))((((((((.....)))))))).......)))))))))..)))......((((((.....)))))).)))). ( -44.50)
>mm5.chrX/10817455-10817570
UGGGGGUGGGAGGAGAUGUCGAGGAGGCUGGGAGCAAACCCAUGGAAGGCACAGAGAGUGGCUUCUGCAAUUUGGUAUCUCUGCCCACUCACAAGCUCUUAUGUUGUUUACCCGA
.(((((((((.((((((..((((...((((((......)))).(((((.(((.....))).)))))))..))))..)))))).))))))....(((......))).....))).. ( -47.20)
>rn3.chrX/138329264-138329152
UUAGGGUGGGAGAUGUUGAGGAGGCUGGGAGCAGAUCCAUGGAAGGCACAAAGAGUGGUUUCUGUAAUUUGGUAUCUCUGCCCACUCACAAACUCUUAUAUUGUUUACCCAA
...(((((((.(((((((((..(((.((((.(((((..(((((((.(((.....))).))))))).)))))...)))).)))..)))).........))))).))))))).. ( -37.50)
>consensus
U_____GAGGGUGGGAGGAAUUGGUGAGGAGGCUGGGAACAGACCCAUGGAAGGCACAGAGAGUGGUUUCUGUAAUUUGGUAUCUCUGCCCACUCACAAACUCUUACAGUGUUUACCCGA
........((((...........(((((..(((.((((.(((((....(((((((((.....)))))))))...)))))...)))).)))..)))))((((((.....)))))))))).. (-28.29 = -29.73 +   1.44)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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