Structure #196509

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	-
Position	40,146,862 - 40,146,980
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.54
Columns	120
Mean single MFE	-43.22
Consensus MFE	-31.56
Combinations/base pair	50 / 39 = 1.28
SCI	0.73
z-score	-3.31
RNA class probability	0.997741

This structure is part of cluster 109345

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.54
 Mean single sequence MFE: -43.23
 Consensus MFE: -31.56
 Energy contribution: -31.88
 Covariance contribution:   0.31
 Mean z-score:  -3.31
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   2.92
 SVM RNA-class probability: 0.997741
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/40146980-40146862
GGGUUGUCUGGCCUCAAAAGCCAUUUGUAAAGCUAACAAACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGGCCAGUCAGUUUCUGGGUGAACCCGGCAACAGUUCCACUGCGGGUGUAAGGGUGGUA
....((.((((((((((..(((((((((...........)))))).....)))...)))))))))).))(((.(((((....))))).)))....(((((.(........)))))).. ( -41.80)
>mm5.chrX/10857211-10857092
GGGCAGUCUGGCCUUAAGAGCCAUUUGUAAAGCUAACAAACAGAUCAUGAGGCAAUUUGAAGCCAGGCUGUUUUAGGUCAAACCCAGCAACAGUUUGGCUGUGGGCUAAAGUGUUGGCC
.(((.((.((((((.((.((((((((((...........)))))).....(((........))).)))).))..)))))).))....(((((.((((((.....)))))).)))))))) ( -40.80)
>rn3.chrX/138366839-138366959
GGGGCAGUUUGGCCUCAAAAGCCAUCUGUAAAGCUAACAAACAGAUCAUGAGGCAAUUUGAGGCCAGGCUGUUUUAGGUUAAACCCAGCAACAGUUUGGCUGUGGGCUAGAGAGUUGGCC
(((((((((((((((((((.(((((((((...........)))))).....)))..))))))))))))))))))).((((((..(((((.((((.....))))..))).).)..)))))) ( -48.20)
>canFam1.chrX/34821433-34821315
GGGUUGUCUGGCCUCAAAAGCCAUUUGUAAAGCUAACAAACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGUCCAGUCUGUUUCUGGGUGAACCCAGAAACAGUUUCAUUGUGGGCUUAAGGGUGGGA
......(((.((((.....(((((((((...........)))))).....)))...((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...)....))))))))))))).))) ( -42.10)
>consensus
GGG_CAGUCUGGCCUCAAAAGCCAUUUGUAAAGCUAACAAACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGGCCAGGCUGUUUCAGGGUAAACCCAGCAACAGUUUCACUGUGGGCUAAAGGGU_GGCA
(((.((((((((((((((..(((((((((...........)))))).....)))...)))))))))))))).(((.....))))))..((((..((((((.....))))))..))))... (-31.56 = -31.88 +   0.31)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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