Structure #196718
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 43,698,103 - 43,698,193 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 83.86 |
Columns | 90 |
Mean single MFE | -25.77 |
Consensus MFE | -18.75 |
Combinations/base pair | 39 / 28 = 1.39 |
SCI | 0.73 |
z-score | -3.69 |
RNA class probability | 0.997038 |
This structure is part of cluster 109490
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 90 Columns: 90 Strand: + Mean pairwise identity: 83.86 Mean single sequence MFE: -25.77 Consensus MFE: -18.75 Energy contribution: -19.75 Covariance contribution: 1.00 Mean z-score: -3.69 Structure conservation index: 0.73 SVM decision value: 2.79 SVM RNA-class probability: 0.997038 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/43698193-43698103 AUGUUUGUAUUCAACAAACUAAAUUUGGUUUGAAUCCGGACUUGGAGGUUGUCCCAACGGAUUCAAGCAGACUGAAAAGUCAUGAACAAA ..((((((.....))))))....(((((((((((((((...((((........))))))))))))))).((((....)))).....)))) ( -30.00) >mm5.chrX/15378624-15378535 AUGUUUGUAUGCAACAAGCCAAAUUUAGUUUGGCUUGGAGUUGGAGGAUGUUCUGAUGAAUUCAAACAGAUUGAAAAGUCACGAACAAA .(((((((..((..((((((((((...))))))))))..))((...((.((((....))))))...))((((....))))))))))).. ( -26.40) >rn3.chrX/143446669-143446758 AUGUUUGUAUACAACAAGCCAAAGUUGGUUUGGUUUGGAGUUGGAGGAUGUUCUGAUGAAUUCAAACAGAUUGAAAAGUCAUGAACAAA .((((..(......(((((((....)))))))(((((((((..(((....)))..))...))))))).((((....)))))..)))).. ( -24.40) >canFam1.chrX/37881431-37881342 AUGUUUGUAUGCAGCAAGCUAAAUUUGGUUUGAAUCUUGACUUGGAGGUUGUUCAAUGGAUUCAAACAGAUUGGAAAAUCAUAAACAAA ..((((((.....))))))....((((((((((((((....(((((.....))))).)))))))))).((((....)))).....)))) ( -22.30) >consensus AUGUUUGUAUGCAACAAGCCAAAUUUGGUUUGAAUC_GGACUUGGAGGAUGUUCUAAUGAAUUCAAACAGAUUGAAAAGUCAUGAACAAA .(((((((...................(((((((((((...((((((....))))))))))))))))).((((....))))))))))).. (-18.75 = -19.75 + 1.00)