Structure #196931

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	47,004,300 - 47,004,438
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	81.79
Columns	139
Mean single MFE	-48.98
Consensus MFE	-35.9
Combinations/base pair	44 / 36 = 1.22
SCI	0.73
z-score	-3.07
RNA class probability	0.997377

This structure is part of cluster 109608

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 139
 Columns: 139
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.54
 Mean single sequence MFE: -48.97
 Consensus MFE: -35.90
 Energy contribution: -37.77
 Covariance contribution:   1.87
 Mean z-score:  -3.07
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   2.91
 SVM RNA-class probability: 0.997677
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/47004300-47004438
UGGGGUGUGCUCAGAGCAGGGGGCCUGAAGAAUGCUUCUUCUGUUUACAACACACCCAAUAGGAAUCUGGGGUCAUUGUGACGGGGGGCACAAAACUUGUGACCUCUCUAUGAACAAAUGCCCCACAUGUGAAAAAAA
..(((((((....(((((((((((.(.....).))..)))))))))....)))))))..........((((((..((((...((((((((((.....)))).)))))).....))))..))))))............. ( -46.90)
>canFam1.chr??/0-138
GGGGUGUGCUCAGAGCAGGGGGCCUGAAGAAAUGGCCCCUCUGUUUACAACACACCCAACAGGAAUCUGGGUUCAUUGUGACAAGGGGCACAAAACCUGUGGCCUUCCUAUGAACAAAUACCCUACAUGUGAAAAAAA
.(((((((....((((((((((((.........)))))).))))))....))))))).(((.......((((...((((..((((((.((((.....)))).))))....)).))))..))))....)))........ ( -52.10)
>mm5.chr15/58342835-58342964
UGGGGUGUGCUCAGAGCAGGUGGCCUGAAGAAUGGCUUCUCUGUUUACAACACACCCAAGAAGAAUCUGGGACCAUUGUAAUGAGGGGCACAAGCAGUUCCCUCUCUGUGAAUGGAUCCCCUACAUGUG
..(((((((....(((((((.((((........)))).).))))))....)))))))...........((((((((..((..((((((.((.....))))))))..))..).))).))))......... ( -47.70)
>rn3.chr1/136-0
UGGGGUGUGCUCAGAGCAGAGGGCCUGAAGAAUGGCUUCUCUGUUUACAACACACCCAAGAAGAAUCUGGGACCAUUGAAAUGUGGGGCACAAGCAGUUUCCUCUCUGUGUGUGGAUCCCCUACAUGUGAAAAAAA
..(((((((....((((((((((((........))).)))))))))....))))))).......................((((((((((((.((((........)))).))))....)))))))).......... ( -49.20)
>consensus
UGGGGUGUGCUCAGAGCAGGGGGCCUGAAG_AAUGGCUCCUCUGUUUACAACACACCCAAGAAGAAUCUGGGACCAUUGUAACGAGGGGCACAAA__CAGUGACCUCUCUAUGAACAAAUCCCCUACAUGUGAAAAAAA
..(((((((....((((((((((((.........))).)))))))))....)))))))...........(((.(((((.....(((((((((.......))))))))).....)))))...)))............... (-35.90 = -37.77 +   1.87)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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