Structure #197192
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chrX |
| Strand | + |
| Position | 50,141,861 - 50,142,031 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 87.9 |
| Columns | 172 |
| Mean single MFE | -57.4 |
| Consensus MFE | -47.31 |
| Combinations/base pair | 70 / 55 = 1.27 |
| SCI | 0.82 |
| z-score | -2.71 |
| RNA class probability | 0.983158 |
This structure is part of cluster 109735
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 172 Columns: 172 Strand: + Mean pairwise identity: 87.90 Mean single sequence MFE: -57.40 Consensus MFE: -47.31 Energy contribution: -46.63 Covariance contribution: -0.69 Mean z-score: -2.71 Structure conservation index: 0.82 SVM decision value: 1.94 SVM RNA-class probability: 0.983158 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/50141861-50142031 GAGGUUCAUAUGCAGCUCAUAUGCGACUCAUAUGCAUACAGCUGGCCUUUCCCCCUUCCUCCACCCCAUUACUAAGACAGAAGAACAGCCUGUUCUCUUGUAACCUGAUGUCCCUGGAUAAGCGGGAGGGGGAGAGAGGCAACGUGUGAUUGCCAUGGCCACCCGCUGCA ..(((((((((((((((..((((((.......)))))).)))))(((((((((((((((((((...(((((.....(((..(((((.....)))))..)))....)))))....))))......)))))))).)))))))..)))))))..)))..(((.....)))... ( -63.40) >mm5.chrX/155676389-155676219 GAGGUUCAUAUGCAGCUCAUAUGCGACUCAUAUGCAUACAGCUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACCCAUUGCUAAGACAGAAAAACAGCUUGUUCUCCUGUAACCUGAUGUCCCCACAUAAAAAAGGGAGGGGGAGAGAAGCACUGUGUGAUUGCCAUGGCCACCCACUGCA (((...((((((.....))))))...))).....(((((((...((((((((.(((((((..............((((...(((.....)))...))))......((((....))))......)))))))))))))..)).)))))))..(((..(((....)))..))) ( -53.00) >rn3.chrX/131323823-131323654 GAGGUUCAUAUGCCGCUCAUAUGUAACUCAUAUGCAUACAGCUGGCCUCCCCUCCUUCCCCCACCCAUUGCUAAGACAGAAGAACAGCUUGUUCUCUUGUAACCUGAUGUCCCCACAUAAAAAGGGAGGGGAGAGAAGCACUGUGUGAUUGCUGUGGCCACCCACUGCA (((...((((((.....))))))...))).....(((((((((...(((((((((((..................(((..(((((.....)))))..)))......((((....))))....)))))))))))...)))..))))))..(((.((((....)))).))) ( -55.30) >canFam1.chrX/43142952-43143118 GAGGUUCAUAUGCAGCUCAUAAGCGACUCAUAUGCAUACAGCUGGUCUCUUCCCUUCCCCCAUCCCAUUACUAAGACAGAAGAACAGCUUGUUCUCUUGUAACCUGAUGUCCCUGGAUAAGGAGGGGGAGAGAGGCAACAUGUGAUUGCCAUGGCCACCCGCUGCA ..........((((((......((((.(((((((......(((..(((((((((((((...(((((((((.....(((..(((((.....)))))..)))....))))).....))))..))))))))))))))))..)))))))))))...((....)))))))) ( -57.90) >consensus GAGGUUCAUAUGCAGCUCAUAUGCGACUCAUAUGCAUACAGCUGGCCUCUCCUCCUUCCCCC_ACCCAUUACUAAGACAGAAGAACAGCUUGUUCUCUUGUAACCUGAUGUCCCCACAU__AAAAGGGAGGGGGAGAGAAGCAACGUGUGAUUGCCAUGGCCACCCACUGCA ..(((((((((((((((..((((((.......)))))).)))))(((((((((((((((.......(((((.....((((.(((((.....))))).))))....)))))((....))........)))))))).)))))))..)))))))..))).(((....)))..... (-47.31 = -46.63 + -0.69)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
