Structure #197198
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chrX |
| Strand | - |
| Position | 50,141,861 - 50,142,031 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 87.9 |
| Columns | 172 |
| Mean single MFE | -64.32 |
| Consensus MFE | -49.64 |
| Combinations/base pair | 64 / 54 = 1.19 |
| SCI | 0.77 |
| z-score | -2.61 |
| RNA class probability | 0.958859 |
This structure is part of cluster 109735
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 172 Columns: 172 Strand: + Mean pairwise identity: 87.90 Mean single sequence MFE: -64.33 Consensus MFE: -49.64 Energy contribution: -52.32 Covariance contribution: 2.69 Mean z-score: -2.61 Structure conservation index: 0.77 SVM decision value: 1.48 SVM RNA-class probability: 0.958859 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/50142031-50141861 UGCAGCGGGUGGCCAUGGCAAUCACACGUUGCCUCUCUCCCCCUCCCGCUUAUCCAGGGACAUCAGGUUACAAGAGAACAGGCUGUUCUUCUGUCUUAGUAAUGGGGUGGAGGAAGGGGGAAAGGCCAGCUGUAUGCAUAUGAGUCGCAUAUGAGCUGCAUAUGAACCUC ((((((((.(((((..((((((.....))))))....(((((((.((..((((((....((...(((..(((..(((((.....)))))..)))))).))....)))))).)).)))))))..))))).))((((((.........))))))..)))))).......... ( -67.40) >mm5.chrX/155676219-155676389 UGCAGUGGGUGGCCAUGGCAAUCACACAGUGCUUCUCUCCCCCUCCCUUUUUUAUGUGGGGACAUCAGGUUACAGGAGAACAAGCUGUUUUUCUGUCUUAGCAAUGGGUGGGGAGGGAGGAGAGGCCAGCUGUAUGCAUAUGAGUCGCAUAUGAGCUGCAUAUGAACCUC ((((((..((((((((((((.....(((((...(((((((((((((((..((((((((....)))...(((((((((((((.....))))))))))...))).))))).)))))))).)))))))...))))).))).)))).)))))......)))))).......... ( -69.60) >rn3.chrX/131323654-131323823 UGCAGUGGGUGGCCACAGCAAUCACACAGUGCUUCUCUCCCCUCCCUUUUUAUGUGGGGACAUCAGGUUACAAGAGAACAAGCUGUUCUUCUGUCUUAGCAAUGGGUGGGGGAAGGAGGGGAGGCCAGCUGUAUGCAUAUGAGUUACAUAUGAGCGGCAUAUGAACCUC ......((((((((........(((...)))((((..((((((((((........)))))((((..((((((..(((((.....)))))..)))...)))....)))))))))..))))...)))).(((((...((((((.....)))))).)))))......)))). ( -59.50) >canFam1.chrX/43143118-43142952 UGCAGCGGGUGGCCAUGGCAAUCACAUGUUGCCUCUCUCCCCCUCCUUAUCCAGGGACAUCAGGUUACAAGAGAACAAGCUGUUCUUCUGUCUUAGUAAUGGGAUGGGGGAAGGGAAGAGACCAGCUGUAUGCAUAUGAGUCGCUUAUGAGCUGCAUAUGAACCUC ((((((((((((((((((((...(((.((((..((((((((..(((((((((....((...(((..(((..(((((.....)))))..)))))).))....)))))))))..))).))))).))))))).))).)))).)))))))....)))))).......... ( -60.80) >consensus UGCAGCGGGUGGCCAUGGCAAUCACACAGUGCCUCUCUCCCCCUCCCUUUU__AUCCAGGGACAUCAGGUUACAAGAGAACAAGCUGUUCUUCUGUCUUAGCAAUGGGU_GGGGGAAGGAGGAGAGGCCAGCUGUAUGCAUAUGAGUCGCAUAUGAGCUGCAUAUGAACCUC ((((((((.(((((..((((((.....))))))..((((((((((((((.....(((..(((((...(....)..((((((.....)))))).)))))..))).......))))))))).)))))))))).)).....((((((.....)))))).)))))).......... (-49.64 = -52.32 + 2.69)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
