Structure #198299

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	68,326,811 - 68,326,931
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	84.03
Columns	120
Mean single MFE	-50.35
Consensus MFE	-38.85
Combinations/base pair	48 / 35 = 1.37
SCI	0.77
z-score	-2.37
RNA class probability	0.96475

This structure is part of cluster 110219

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  84.03
 Mean single sequence MFE: -50.35
 Consensus MFE: -38.85
 Energy contribution: -37.48
 Covariance contribution:  -1.37
 Mean z-score:  -2.37
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   1.56
 SVM RNA-class probability: 0.964750
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/68326811-68326931
CUGCCUGCAUCUGCUCAGGGCUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACGGAGGAUGGGGCUUCCACGGACUGCCUGGCUCCAGGCAACAGCCUGCAUCCUGAGGGAGGCCAGAGGAG
...(((.((((.(((((.((((....))))...)))))...(((((....))))))))).(((((((..(((.(((..((((...(....))))).))))))....)))))))..))).. ( -52.30)
>mm5.chrX/91015899-91016019
CUGUGUGUGUCUGCUCAGAAGUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGUUGCCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCUUCAGCCUGGGUCUUGAGGGAGGCCAGGAGAG
(((.((......)).))).((((.(((((.((((.(....((((((....)))))).).)))).))))).)))).(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))).... ( -50.90)
>rn3.chrX/87692691-87692811
CUGUGUGUGUCUGCUCAGAAGUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGCUGUCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCUGCAGCCUGGGUCUUGAGGGAGGCCAGGAGAG
(((((...(((((((((((.(........).)))))))..((((((....))))))...))))...))))).((.(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))))).. ( -52.80)
>canFam1.chrX/56543212-56543332
CUGCCUACAUCUGCUCAAAGCUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUUUCUAGGGAGGGAGGAUGGGGCUUCCAUGGCUUUCCUGGUUCCAGGAAGCAGCUUGGGUCCUGAGGGAAACCAGGAGAU
..((((.(((((((((((((((....)))..)))))))..(..((....))..)))))))))).((((.((((((((((....))))))..))))))))((((..((....))))))... ( -45.40)
>consensus
CUGCCUGCAUCUGCUCAGAACUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGCUGCCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCAGCAGCCUGGGUCCUGAGGGAGGCCAGGAGAG
..((((......(((((((............)))))))..((((((....))))))...)))).........((.(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))))).. (-38.85 = -37.48 +  -1.37) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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