Structure #200582
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 102,843,952 - 102,844,070 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 84.71 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -45.65 |
Consensus MFE | -27.14 |
Combinations/base pair | 50 / 41 = 1.22 |
SCI | 0.59 |
z-score | -2.22 |
RNA class probability | 0.644815 |
This structure is part of cluster 111383
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 84.71 Mean single sequence MFE: -45.65 Consensus MFE: -27.14 Energy contribution: -27.70 Covariance contribution: 0.56 Mean z-score: -2.22 Structure conservation index: 0.59 SVM decision value: 0.23 SVM RNA-class probability: 0.644815 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/102844070-102843952 UUUUCUAGUAAAGAAAGUCUCUGAAGCCUGGGGAUGGGGGGAGAAGAAGGUCAGUGACCCCACUGUUCCCUUUCUCCCCAGCACAGGGUCAGGGCUUGGACAGAGCCCUCCAUAGCUC .(((((.....)))))(.(((((..((.((((((..(((((((.((..((((...))))...)).)))))))..)))))))).))))).)(((((((.....)))))))......... ( -48.30) >canFam1.chrX/80234671-80234553 UCUUCUAGUAAAGAAGGUUUCUGAAGCCUGAGGGUGGGGGGAGGAGAAGGUCAGUGACCCCUCUGUUCCUUCUCUCCCCAGCACAGGGUCAGGGCUUGGUCAGAGACCUCCAUAGCUC ............(.(((((((((((((((((..(((.((((((.((((((.(((.(....).)))..))))))))))))..)))....))).))))...)))))))))).)....... ( -50.60) >mm5.chrX/126836088-126835971 UCUUCUAGUAAAGAAGGUCUCUGAAGUCUGGGGUGGGGGAGGGGAGGUCAGUGACCCCACUGUUCCCUCUCUCUUCCCAGCAAAGGGUCAAGCCUUGGACACAGCCCUCCAUAACUU .(((((.....)))))(.((((...(.((((((.(((((((((((...(((((....)))))))))))))))).)))))))..)))).)(((...((((........))))...))) ( -45.80) >rn3.chrX/124568468-124568352 UCUUCUAGUAAAGAAGGUCUCUGAAGUCUGGGAUUGGGGAGGGGAGGUCAGUGACCCGACUGUUACUUCUCUCUCCCGGCAAAGGGUCAAGCCUUGGACACGGUCCUCCAUAACUU ((((((.....))))))........(((..((...(((((((((((..((((......))))...)))))))).)))(((.....)))....))..)))..((....))....... ( -37.90) >consensus UCUUCUAGUAAAGAAGGUCUCUGAAGCCUGGGG_UGGGGGAAG__GAAGGUCAGUGACCCCACUGUUCCCUCUCUC__CCCAGCAAAGGGUCAAGCCUUGGACACAGCCCUCCAUAACUC .(((((.....)))))(.((((...(.(((((...((((((((..(((...(((((....))))))))))))))))..))))))..)))).).(((((((((........)))).))))) (-27.14 = -27.70 + 0.56)