Structure #200982
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 106,809,229 - 106,809,342 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 76.58 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -53.43 |
Consensus MFE | -38.45 |
Combinations/base pair | 53 / 34 = 1.56 |
SCI | 0.72 |
z-score | -3.12 |
RNA class probability | 0.999851 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.58 Mean single sequence MFE: -53.43 Consensus MFE: -38.45 Energy contribution: -35.95 Covariance contribution: -2.50 Mean z-score: -3.12 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 4.25 SVM RNA-class probability: 0.999851 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809229-106809342 AAAGUGCUCAAGGAGCCUCAGGGCCAGCCUGGGCUGGCUCGGCUGUGGGGGCGGGAGGAAAUUCACGGUCCUGAGUGUCUUCAGGAGCUCCCAGGCCCUGAGGGAAGCCUGGA .......((.(((..((((((((((((((.(((....))))))).(((((((..(((((.(((((......))))).)))))....)))))))))))))))))....))).)) ( -57.80) >mm5.chrX/130590921-130591041 AAAGUGUUCAAGGAGCCUUAGGGUCAGCCUAAGCUGGCUCUGCUGUGGAAGCAGCGAGAUGUUCCCUGCCCUGAGUCCUGAGUGGCUUUGGGGGCUCUUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGA ..(((.(((..(((((...(((((((((....)))))))))(((((....)))))((((.((((((.(((((.(....).)).)))...))))))))))..)))))....))).)))... ( -51.80) >rn3.chrX/128453461-128453581 AAAGUGCUCAAGGAGCCUCAGGGCCAGCCUAAGCUGGCUCUGCUGUGAAAGCAGGAAGAUGUACCCUGCCCUGAGUCCUGAGUGGCUUUGGGGGCUUUUGAGCUCUGAGGGAAAACUGGA ..((.(((((((.((((.((((((((((....))))))))))((((....)))).........(((.(((((.(....).)).)))...)))))))))))))).)).............. ( -51.70) >canFam1.chrX/84324848-84324960 AAACUGCUCAGAGAGUCUGAGGGCCAGCCUGGGCUGGCUGGGCUGUGGAGGCAAGAGGAAGUUCUUGGCCCUGAGUGCCUCAGGGGCUCCUGGGCUCUGAGAGAAGGCUGGA ......(((((.....)))))..(((((((...((..(.(((((..((((.((((((....)))))).(((((((...))))))).))))..))))).)..)).))))))). ( -52.40) >consensus AAAGUGCUCAAGGAGCCUCAGGGCCAGCCUAAGCUGGCUCGGCUGUGGAAGCAGGAAGAAGUUCCC_______AGUCCUGAGUGGCUUCAGGGGCUCCUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGA ...............(((((((((((((....))))))...(((.(((((((.((((....))))..........(((((((....)))))))))))))))))))))))).......... (-38.45 = -35.95 + -2.50)