Structure #200991
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 106,809,269 - 106,809,381 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 77.04 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -51.26 |
Consensus MFE | -36.23 |
Combinations/base pair | 50 / 34 = 1.47 |
SCI | 0.71 |
z-score | -2.13 |
RNA class probability | 0.977593 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 77.04 Mean single sequence MFE: -51.26 Consensus MFE: -36.23 Energy contribution: -34.04 Covariance contribution: -2.19 Mean z-score: -2.13 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 1.79 SVM RNA-class probability: 0.977593 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809269-106809381 GGCUGUGGGGGCGGGAGGAAAUUCACGGUCCUGAGUGUCUUCAGGAGCUCCCAGGCCCUGAGGGAAGCCUGGAGCUCCUGGGGCAAGUGCUGCCCUCGGGAUCUUCUGCCGA .........((((((((........)((((((((.......((((((((((.((((((....))..))))))))))))))(((((.....)))))))))))))))))))).. ( -57.60) >mm5.chrX/130590961-130591080 UGCUGUGGAAGCAGCGAGAUGUUCCCUGCCCUGAGUCCUGAGUGGCUUUGGGGGCUCUUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGAGCUCCUAAGGCAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGUGGA .(((((....)))))..........(..(...((((((((((.(((.(((((((((((..((.(((......))))))))))))))))(((....))))))))))))).)))..)..). ( -49.60) >rn3.chrX/128453501-128453620 UGCUGUGAAAGCAGGAAGAUGUACCCUGCCCUGAGUCCUGAGUGGCUUUGGGGGCUUUUGAGCUCUGAGGGAAAACUGGAGCUCCUGAGGCAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGUGGA ..........(((((.........)))))((.((((((((((.(((.......(((((.(((((((.((......)))))))))..))))).......)))))))))))..))...)). ( -46.04) >canFam1.chrX/84324888-84325000 GGCUGUGGAGGCAAGAGGAAGUUCUUGGCCCUGAGUGCCUCAGGGGCUCCUGGGCUCUGAGAGAAGGCUGGAGCUCCAGGGGUUAAGUGCUGCCCUCCGGAUCUUCUGCUGA (((...((((((..((((.(((.((((.(((((((...)))))))(((((((((((((.((......))))))).)))))))))))).)))..))))..).))))).))).. ( -51.80) >consensus GGCUGUGGAAGCAGGAAGAAGUUCCC_______AGUCCUGAGUGGCUUCAGGGGCUCCUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGAGCUCCUGAGG_CAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGCGGA .(((.....))).((((((................(((((((((.(((((((((((((....(((...)))......))))))))))))).)).........)))))))))))))..... (-36.23 = -34.04 + -2.19)