Structure #200994
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 106,809,302 - 106,809,415 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 83.26 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -45.5 |
Consensus MFE | -31.59 |
Combinations/base pair | 46 / 35 = 1.31 |
SCI | 0.69 |
z-score | -1.79 |
RNA class probability | 0.724959 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.26 Mean single sequence MFE: -45.50 Consensus MFE: -31.59 Energy contribution: -30.53 Covariance contribution: -1.06 Mean z-score: -1.79 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 0.41 SVM RNA-class probability: 0.724959 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809302-106809415 AGUGUCUUCAGGAGCUCCCAGGCCCUGAGGGAAGCCUGGAGCUCCUGGGGCAAGUGCUGCCCUCGGGAUCUUCUGCCGAGACCGGGCCAGCUUCCUAAACUAACUCCCAGACU ...((((.((((((((((.((((((....))..))))))))))))))(((..(((((((.((.(((..((.......))..))))).)))).......)))....))))))). ( -50.11) >mm5.chrX/130591001-130591114 AGUGGCUUUGGGGGCUCUUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGAGCUCCUAAGGCAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGUGGAAGUUGGGCCAGUUUCCUAAACUAACUCCCAGACU ...(..(((((((((....(((((((.((......)))))))))....(((....))))))))))))..).((((.(((.(((((...((....))...)))))))))))).. ( -41.60) >rn3.chrX/128453541-128453654 AGUGGCUUUGGGGGCUUUUGAGCUCUGAGGGAAAACUGGAGCUCCUGAGGCAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGUGGAGUUUGGGCCAGUUUCCUAAACUAACUCCCAGACU (((..((((.((((((....)))))).))))...)))((((.((((((((((.....)).)))))))).)))).....((((((((..((((.........)))))))))))) ( -43.80) >canFam1.chrX/84324921-84325040 AGUGCCUCAGGGGCUCCUGGGCUCUGAGAGAAGGCUGGAGCUCCAGGGGUUAAGUGCUGCCCUCCGGAUCUUCUGCUGAGGCUGAGGCCAGGCCAGCUUCCUAAACUAACUCCCAGACU ...(((.((((....)))))))((((.(((..(((.((((.(((.(((((........)))))..))).)))).)))((((((..(((...))))))))).........))).)))).. ( -46.50) >consensus AGUGGCUUCAGGGGCUCCUGAGCUCUGAGGGAAGACUGGAGCUCCUGAGG_CAAGUGCUGCCCUCAGGAUCUUCUGCGGAGGCUG______GGCCAGCUUCCUAAACUAACUCCCAGACU (((...((((((.(((....)))))))))(((((.((((...((((((((.((.....)).)))))))).((((....))))...........)))))))))...)))............ (-31.59 = -30.53 + -1.06)