Structure #201005
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 106,809,415 - 106,809,535 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 93.19 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -40.55 |
Consensus MFE | -31.71 |
Combinations/base pair | 38 / 35 = 1.09 |
SCI | 0.78 |
z-score | -1.78 |
RNA class probability | 0.562347 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 93.19 Mean single sequence MFE: -40.55 Consensus MFE: -31.71 Energy contribution: -33.90 Covariance contribution: 2.19 Mean z-score: -1.78 Structure conservation index: 0.78 SVM decision value: 0.06 SVM RNA-class probability: 0.562347 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809415-106809535 GAAGGGGAGGGCCGGAUCCUCCGGGAGAGCCCAGACGGCGGCUCUGCCAGCCAGCCCCUGUGGUUGGAACUUUCAAAAAGACCAAUGUUUCAGCAACUGAUUUCUUUUCCAACCCGAACA ..(((((..(((.((.....))((.((((((........)))))).)).)))..)))))(.(((((((((((.....))).........((((...))))......)))))))))..... ( -45.40) >mm5.chrX/130591114-130591234 AAAGAGGAGGGCCAGAUCCUCCUGGGGAACCCAGACAGAGGCUCUGCCAGCCAGCUCCUGUGGUUGGAACUUUCAAAAAGACCAAUGUUUCAGCAACUGAUUUCUUUUCCAACCUGAACA ..(.((((((((((((.(((((((((...)))))...)))).))))...)))..))))).)(((((((((((.....))).........((((...))))......))))))))...... ( -39.10) >rn3.chrX/128453654-128453774 AAAGAGGAGGGCCGGAUCCUCCCGGGGAACCCAGACAGAGGCUCUGCCAGCCAGCUCCUGUGGUUGGAACUUUCAAAAAGACCAAUGUUUCAGCAACUGAUUUCUUUUCCAAACUGAACA .....(((((.((((......))))((((..(((((((..(((..(....).)))..)))).((((((((................))))))))..)))..))))))))).......... ( -31.99) >canFam1.chrX/84325040-84325160 GAAGGGGAGGGCCAGAUCCUCUGGGGGAGCCCAGACGGCAGCUCUGCCAGCCAGCCCCUGUGGUUGGAACUUUCAAAAAGACCAAUGUUUCAGCAACUGAUUUCUUUUCCAACCCGAACA ..(((((..(((.......((((((....)))))).((((....)))).)))..)))))(.(((((((((((.....))).........((((...))))......)))))))))..... ( -45.70) >consensus AAAGAGGAGGGCCAGAUCCUCCGGGGGAACCCAGACAGAGGCUCUGCCAGCCAGCCCCUGUGGUUGGAACUUUCAAAAAGACCAAUGUUUCAGCAACUGAUUUCUUUUCCAACCCGAACA ..(((((..(((((((.((((((.((....))...)))))).))))...)))..)))))..(((((((((((.....))).........((((...))))......))))))))...... (-31.71 = -33.90 + 2.19)