Structure #201011
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chrX |
| Strand | + |
| Position | 106,809,535 - 106,809,655 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 87.78 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -37.08 |
| Consensus MFE | -35.28 |
| Combinations/base pair | 42 / 34 = 1.24 |
| SCI | 0.95 |
| z-score | -1.56 |
| RNA class probability | 0.851111 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 87.78 Mean single sequence MFE: -37.08 Consensus MFE: -35.28 Energy contribution: -35.84 Covariance contribution: 0.56 Mean z-score: -1.56 Structure conservation index: 0.95 SVM decision value: 0.79 SVM RNA-class probability: 0.851111 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809535-106809655 GCAAGCCUUUCUGUCCCCCUUGCAUGACUGUGGCUGUGGCAUGCAGCCCCAGCCUGAGCAGAAGCAAGAUUCCAGGGCUGGAGCUUCAUAACACCCAAAUCAUUGGUCAAUUCUAUUAAA (((((.............))))).(((((.(((..(((..(((.(((.(((((((.....(((......)))..))))))).))).)))..)))))).......)))))........... ( -34.02) >mm5.chrX/130591234-130591354 GCAAGCUUUUCUGUCCCCUUUGCACGACUGUGGCUGUGGCAGGCAGCCUCAGCCUGAAUAGAAGUAGGAUUCUAGGGCUGGGGCUCCCUAAUACCCAAACCACUGGUCAAUUCCAUUAAA ((((((......)).....))))..((((((((...(((.(((.(((((((((((...(((((......)))))))))))))))).))).....)))..)))).))))............ ( -42.80) >rn3.chrX/128453774-128453894 GCAAGCUUUUCUGUCCCCUUUGCAUGACUGUGGCUGUGGCAUACAGCCUCAGCCUCAACAGAAGUAGGAUUCUAAGGCUGGGGCUCCCUAACACCCAAACCACUGGUCAAAUCCAUUAAA ((((((......)).....)))).(((((((((..(((......(((((((((((....((((......)))).)))))))))))......))).....)))).)))))........... ( -36.90) >canFam1.chrX/84325160-84325280 GCAGGGCUUUCUGUCCCCCUUGCAUGACUGUGGCUGUGGCACACAGCCCCCGCCUGAGCAGAAGCAGGAUUCUAGGGCCGAGGCUCCAUAACACCCAAACCACUGGUCAAUUCUAUUAAA ((((((...........)))))).(((((((((..(((......((((.(.((((....((((......)))).)))).).))))......))).....)))).)))))........... ( -34.60) >consensus GCAAGCCUUUCUGUCCCCCUUGCAUGACUGUGGCUGUGGCAUACAGCCCCAGCCUGAACAGAAGCAGGAUUCUAGGGCUGGGGCUCCAUAACACCCAAACCACUGGUCAAUUCCAUUAAA (((((.............)))))..((((((((..(((..(((.(((((((((((....((((......)))).))))))))))).)))..))).....)))).))))............ (-35.28 = -35.84 + 0.56)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
