Structure #201017
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 106,809,575 - 106,809,694 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 83.07 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -32.53 |
Consensus MFE | -30.74 |
Combinations/base pair | 52 / 39 = 1.33 |
SCI | 0.94 |
z-score | -1.53 |
RNA class probability | 0.855894 |
This structure is part of cluster 111626
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.07 Mean single sequence MFE: -32.53 Consensus MFE: -30.74 Energy contribution: -29.80 Covariance contribution: -0.94 Mean z-score: -1.53 Structure conservation index: 0.94 SVM decision value: 0.81 SVM RNA-class probability: 0.855894 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/106809694-106809575 CUGAUGCCAAAAAUGGUGAUUUUUUUAAAUUUGAUUUUGUUUAAUAGAAUUGACCAAUGAUUUGGGUGUUAUGAAGCUCCAGCCCUGGAAUCUUGCUUCUGCUCAGGCUGGGGCUGCAU .(((((((.....((((((((((.((((((........)))))).)))))).))))........)))))))((.((((((((((.(((......((....))))))))))))))).)). ( -36.12) >mm5.chrX/130591390-130591274 CAAAUGCCAAAAACGUGUUUUUAAAAUUUGAUUUUAUUUAAUGGAAUUGACCAGUGGUUUGGGUAUUAGGGAGCCCCAGCCCUAGAAUCCUACUUCUAUUCAGGCUGAGGCUGCCU ..((((((................(((((.(((......))).)))))((((...))))..))))))(((.((((.(((((.(((((......)))))....))))).)))).))) ( -32.90) >rn3.chrX/128453930-128453814 CAAAUGCCAAAAACGUGUUUUUAAGAUUUGAUUUUAUUUAAUGGAUUUGACCAGUGGUUUGGGUGUUAGGGAGCCCCAGCCUUAGAAUCCUACUUCUGUUGAGGCUGAGGCUGUAU ..(((((((((..(((.....((((((...))))))....)))..)))).((((....)))))))))..(.((((.(((((((((((......))))...))))))).)))).).. ( -28.90) >canFam1.chrX/84325316-84325200 GUGAUGCCAAAAACAGUGUUUUUUAAUUUGGUUUUAUUUAAUAGAAUUGACCAGUGGUUUGGGUGUUAUGGAGCCUCGGCCCUAGAAUCCUGCUUCUGCUCAGGCGGGGGCUGUGU ((((((((.....((.((....(((((((.(((......))).))))))).)).)).....))))))))(.((((((.(((.(((((......)))))....))).)))))).).. ( -32.20) >consensus CAAAUGCCAAAAACG____UGUUUUUAAA_UUUGAUUUUAUUUAAUAGAAUUGACCAGUGGUUUGGGUGUUAGGGAGCCCCAGCCCUAGAAUCCUACUUCUGCUCAGGCUGAGGCUGCAU ..(((((((((((((....))))))).....(..(((((((...)))))))..)...........))))))(((.((((((((((.(((((......)))))....)))))))))).))) (-30.74 = -29.80 + -0.94)