Structure #202757

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	128,565,991 - 128,566,111
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.06
Columns	120
Mean single MFE	-48.13
Consensus MFE	-40.67
Combinations/base pair	46 / 35 = 1.31
SCI	0.84
z-score	-1.84
RNA class probability	0.87596

This structure is part of cluster 112633

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.06
 Mean single sequence MFE: -48.12
 Consensus MFE: -40.67
 Energy contribution: -39.16
 Covariance contribution:  -1.50
 Mean z-score:  -1.84
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   0.89
 SVM RNA-class probability: 0.875960
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/128565991-128566111
UUUCCCUGUCUGUCCCAGUUGCUCUAGGGUCCUCCUAGUCUGUGCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCUUUGUUCCCAGUACCAGAGGUUGGGGUGAAGA
...((((.....((((((..((.((((((..(.........)..))))))(((.((((....))))))).)))))))).((((((((..(((....)))..)))).))))))))...... ( -45.00)
>mm5.chrX/40430703-40430822
UUUCCCUGACUGUCUUAGUUGCUCUAGGGGCCUCCUACUCUGUUCCUUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCCGCCUAAGGAAGAUCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAU
..((((((((((...))))).....)))))..(((((((.(.((((((((((..(((((......))))))))))))))).)((((((.(((...)))..)))))))))))))...... ( -48.90)
>rn3.chrX/134516723-134516842
UUUCCCUGACUGUCGUAGUUGCUCUAGGGGCCUCCCACUCUGUUCCUUAGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAU
..((((((((((...))))).....)))))..((((((.((.((((((((((..(((((......)))))))))))))))...(((((.(((...)))..)))))))))))))...... ( -48.40)
>canFam1.chrX/103983370-103983490
UCUCUCUGUCUAUCCCAGUUUCUCUGGAGUCUUCCUACUCUGCUCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCACGGUUCCCAGCACCAGAGGUGGGGGUGAAGA
....(((...((((((....(((((((.((...((.......(((((..((((..(((....)))..)..)))..)))))((....))..))......)).)))))))..)))))).))) ( -50.20)
>consensus
UUUCCCUGACUGUCCCAGUUGCUCUAGGGGCCUCCUACUCUGUUCCCUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAACCAGAGGU_GGGAUAAAAA
...(((((................)))))((.((((.(((((((((((((((..(((((......)))))))))))))))...((((........))))...)))))...)))).))... (-40.67 = -39.16 +  -1.50) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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