Structure #202760
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 128,565,991 - 128,566,111 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 82.06 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -43.38 |
Consensus MFE | -32.81 |
Combinations/base pair | 39 / 32 = 1.22 |
SCI | 0.76 |
z-score | -1.59 |
RNA class probability | 0.634723 |
This structure is part of cluster 112633
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.06 Mean single sequence MFE: -43.38 Consensus MFE: -32.81 Energy contribution: -33.38 Covariance contribution: 0.56 Mean z-score: -1.59 Structure conservation index: 0.76 SVM decision value: 0.20 SVM RNA-class probability: 0.634723 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/128566111-128565991 UCUUCACCCCAACCUCUGGUACUGGGAACAAAGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAGGGCACAGACUAGGAGGACCCUAGAGCAACUGGGACAGACAGGGAAA .......(((..(((((((..((((........))))..)).(((..(((.((((......))))...)))..))).........)))))..(((((.....))))).......)))... ( -42.60) >mm5.chrX/40430822-40430703 AUUGUAUCCCACCUCUGGCUUUGGGAACCAUGCCAGAUCUUCCUUAGGCGGCCAAGCAUGUGGCCAGGCCCAAGGAACAGAGUAGGAGGCCCCUAGAGCAACUAAGACAGUCAGGGAAA ......((((((.(((.((((((((..((...((...((((((((.((((((((......)))))..))).)))))..)))...)).))..)))))))).....)))..))..)))).. ( -43.00) >rn3.chrX/134516842-134516723 AUUGUAUCCCACCUCUGGCUUUGGGAACCAUGCCAGGUCUUCCUCAGGCAGCCAAGCAUGUGGCCAGGCCUAAGGAACAGAGUGGGAGGCCCCUAGAGCAACUACGACAGUCAGGGAAA ...((.(((((((((((((..(((...))).)))))...(((((.((((.((((......))))...)))).))))).)).)))))).))((((.((.............))))))... ( -44.02) >canFam1.chrX/103983490-103983370 UCUUCACCCCCACCUCUGGUGCUGGGAACCGUGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAGGGAGCAGAGUAGGAAGACUCCAGAGAAACUGGGAUAGACAGAGAGA (((((........((((((..(.(....).)..)))))).(((((..(((.((((......))))...)))..)))))........))))).(((((.....)))))............. ( -43.90) >consensus ACUGCACCCC_ACCUCUGGCUCUGGGAACCAUGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAAGGAACAGAGUAGGAGGACCCUAGAGCAACUAGGACAGACAGGGAAA .......(((..(((((((((((((........))))))))((((..(((.((((......))))...)))..))))........)))))..(((((.....))))).......)))... (-32.81 = -33.38 + 0.56)