Structure #202764

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chrX
Strand +
Position 128,566,031 - 128,566,151
Number of sequences 4
Organisms human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity 82.87
Columns 120
Mean single MFE -59.77
Consensus MFE -52.79
Combinations/base pair 48 / 37 = 1.30
SCI 0.88
z-score -3.06
RNA class probability 0.998176

This structure is part of cluster 112633

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.87
 Mean single sequence MFE: -59.78
 Consensus MFE: -52.79
 Energy contribution: -51.73
 Covariance contribution:  -1.06
 Mean z-score:  -3.06
 Structure conservation index:   0.88
 SVM decision value:   3.03
 SVM RNA-class probability: 0.998176
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/128566031-128566151
UGUGCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCUUUGUUCCCAGUACCAGAGGUUGGGGUGAAGACAUGCGGGCUGACUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCCA
.(.((((((((.((((((((((..........((((((((((....)))...)))))))..((((.((((.(.(((....))).).))))..)))).)))))))))).)).)))))).). ( -62.20)
>mm5.chrX/40430743-40430861
UGUUCCUUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCCGCCUAAGGAAGAUCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAUUUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGGCCA
..((((((((((..(((((......)))))))))))))))..((((((.(((...)))..))))))(((.(((......)))(.((((((((((.....)))))))))).)...))). ( -56.10)
>rn3.chrX/134516763-134516881
UGUUCCUUAGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAUUUCGUGGGCUGGUUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCA
..((((((((((..(((((......))))))))))))))).....(((.((..((((...(((...)))))))..)).....(.(((((((((.......))))))))).)...))). ( -53.10)
>canFam1.chrX/103983410-103983530
UGCUCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCACGGUUCCCAGCACCAGAGGUGGGGGUGAAGAUGUGUGGGCUGGUUGGAGCAUGGCCAGUCCACAGGGCCCA
...((((..((((..(((....)))..)..)))..))))((((((((((((.(((((..((((...))))..)).)))..)))))((((((((((.....)))))))))).))))))).. ( -67.70)
>consensus
UGUUCCCUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAACCAGAGGU_GGGAUAAAAAUUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGG_CCA
..((((((((((..(((((......)))))))))))))))((((((.......((((...(((...))).))))...........(((((((((.......))))))))).))))))... (-52.79 = -51.73 +  -1.06) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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