Structure #202764
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 128,566,031 - 128,566,151 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 82.87 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -59.77 |
Consensus MFE | -52.79 |
Combinations/base pair | 48 / 37 = 1.30 |
SCI | 0.88 |
z-score | -3.06 |
RNA class probability | 0.998176 |
This structure is part of cluster 112633
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.87 Mean single sequence MFE: -59.78 Consensus MFE: -52.79 Energy contribution: -51.73 Covariance contribution: -1.06 Mean z-score: -3.06 Structure conservation index: 0.88 SVM decision value: 3.03 SVM RNA-class probability: 0.998176 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/128566031-128566151 UGUGCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCUUUGUUCCCAGUACCAGAGGUUGGGGUGAAGACAUGCGGGCUGACUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCCA .(.((((((((.((((((((((..........((((((((((....)))...)))))))..((((.((((.(.(((....))).).))))..)))).)))))))))).)).)))))).). ( -62.20) >mm5.chrX/40430743-40430861 UGUUCCUUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCCGCCUAAGGAAGAUCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAUUUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGGCCA ..((((((((((..(((((......)))))))))))))))..((((((.(((...)))..))))))(((.(((......)))(.((((((((((.....)))))))))).)...))). ( -56.10) >rn3.chrX/134516763-134516881 UGUUCCUUAGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAGCCAGAGGUGGGAUACAAUUUCGUGGGCUGGUUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCA ..((((((((((..(((((......))))))))))))))).....(((.((..((((...(((...)))))))..)).....(.(((((((((.......))))))))).)...))). ( -53.10) >canFam1.chrX/103983410-103983530 UGCUCCCUGGGCCUGGCCACAUGGUUGGCUGCCUGGGGAGGCCCUGGCACGGUUCCCAGCACCAGAGGUGGGGGUGAAGAUGUGUGGGCUGGUUGGAGCAUGGCCAGUCCACAGGGCCCA ...((((..((((..(((....)))..)..)))..))))((((((((((((.(((((..((((...))))..)).)))..)))))((((((((((.....)))))))))).))))))).. ( -67.70) >consensus UGUUCCCUGGGCCUGGCCACAUGCUUGGCUGCCUGAGGAAGACCUGGCAUGGUUCCCAAAACCAGAGGU_GGGAUAAAAAUUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGG_CCA ..((((((((((..(((((......)))))))))))))))((((((.......((((...(((...))).))))...........(((((((((.......))))))))).))))))... (-52.79 = -51.73 + -1.06)