Structure #202770
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 128,566,031 - 128,566,151 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 82.87 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -47.84 |
Consensus MFE | -39.81 |
Combinations/base pair | 38 / 30 = 1.27 |
SCI | 0.83 |
z-score | -2.38 |
RNA class probability | 0.980258 |
This structure is part of cluster 112633
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.87 Mean single sequence MFE: -47.84 Consensus MFE: -39.81 Energy contribution: -38.88 Covariance contribution: -0.94 Mean z-score: -2.38 Structure conservation index: 0.83 SVM decision value: 1.86 SVM RNA-class probability: 0.980258 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/128566151-128566031 UGGGCCCUGAGGGCUGGCCACACUCCAGUCAGCCCGCAUGUCUUCACCCCAACCUCUGGUACUGGGAACAAAGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAGGGCACA ...((((((.((.(((((((((.((((((..(((.......................)))))))))......(((.(((....))).))).........))))))))).))))))))... ( -53.30) >mm5.chrX/40430861-40430743 UGGCCCUGAGGGCUGGCCAUACUCCAACCAGCCCACGAAAUUGUAUCCCACCUCUGGCUUUGGGAACCAUGCCAGAUCUUCCUUAGGCGGCCAAGCAUGUGGCCAGGCCCAAGGAACA (((......(((((((...........)))))))(((....)))...)))..((((((..(((...))).))))))..((((((.((((((((......)))))..))).)))))).. ( -44.90) >rn3.chrX/134516881-134516763 UGGCCCUGAGGGCUGGCCACACUCCAACCAGCCCACGAAAUUGUAUCCCACCUCUGGCUUUGGGAACCAUGCCAGGUCUUCCUCAGGCAGCCAAGCAUGUGGCCAGGCCUAAGGAACA .(..(((.(((.(((((((((.(((((..((((...((...((.....))..)).))))))))).....(((((((....)))..))))........))))))))).))).)))..). ( -44.10) >canFam1.chrX/103983530-103983410 UGGGCCCUGUGGACUGGCCAUGCUCCAACCAGCCCACACAUCUUCACCCCCACCUCUGGUGCUGGGAACCGUGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAGGGAGCA .(..(((((.((.((((((((.......((((((((....................))).)))))......((((.(((....))).)))).........)))))))).)))))))..). ( -49.05) >consensus UGG_CCCUGAGGGCUGGCCACACUCCAACCAGCCCACAAAACUGCACCCC_ACCUCUGGCUCUGGGAACCAUGCCAGGGCCUCCCCAGGCAGCCAACCAUGUGGCCAGGCCCAAGGAACA ....(((((.((.(((((((((.(((((((((.......................))))..)))))......(((.((......)).))).........))))))))).))))))).... (-39.81 = -38.88 + -0.94)