Structure #202777
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 128,566,111 - 128,566,230 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 84.64 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -48.62 |
Consensus MFE | -33.44 |
Combinations/base pair | 39 / 34 = 1.15 |
SCI | 0.69 |
z-score | -2.43 |
RNA class probability | 0.93064 |
This structure is part of cluster 112633
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 84.64 Mean single sequence MFE: -48.62 Consensus MFE: -33.44 Energy contribution: -35.00 Covariance contribution: 1.56 Mean z-score: -2.43 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 1.21 SVM RNA-class probability: 0.930640 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/128566111-128566230 CAUGCGGGCUGACUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCCAGCUGCAGGGCGCAGGGCCAAGUUGACAAUGCCAGCCACUGGAGACAGAGUGGCAACUACUGCUGUCGCCUCCAAAAUAC ..((.((((.(((.(.(((((((((.((((((((.......))).)))))....))))).........(((((.(..(((....))).))))))..)))).).))))))).))...... ( -48.80) >mm5.chrX/40430822-40430940 UUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGGCCAGCUGCAGGGCACAAGGCCAAGUUGACAAUGCCAACCACUGGAGACAGAGUGGCAACUUCUUCUCUAGCUUCCAAAAUAC ...(..((((((..(((((.(((((.((((((((......))).)))))....))))).........(((((....(((....)))..))))))))))....))))))..)....... ( -48.20) >rn3.chrX/134516842-134516960 UUCGUGGGCUGGUUGGAGUGUGGCCAGCCCUCAGGGCCAGCUGCAGGGCACAAGGCCAAGUUGACAAUGCCAACCACUGGAGACAGAGUGGCAGCUUCUUCUCUAGCUUCCAAAAUAC ...(..((((((..(((((.(((((.((((((((......))).)))))....))))).........(((((....(((....)))..))))))))))....))))))..)....... ( -48.40) >canFam1.chrX/103983490-103983610 UGUGUGGGCUGGUUGGAGCAUGGCCAGUCCACAGGGCCCAGCUGCAGGACACGGAGCCAAGUUCACAAUGCUAGCCUGGCAGAGACAGAGUGGCAACUGCUGCUGUUGCCUACAAAAUAA ..(((((((((((((.....)))))))))))))((((.((((.((((......((((...))))....(((((..(((.......)))..))))).)))).))))..))))......... ( -49.10) >consensus UUCGUGGGCUGGUUGGAGUAUGGCCAGCCCUCAGGG_CCAGCUGCAGGGCACAAGGCCAAGUUGACAAUGCCAACC_ACUGGAGACAGAGUGGCAACUUCUGCUCUAGCCUCCAAAAUAC ...(.((((((...(((((((((((.((((((((.......))).)))))....))))).........(((((.....(((....)))..)))))..))))))..)))))).)....... (-33.44 = -35.00 + 1.56)