Structure #202787

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	128,566,190 - 128,566,296
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	83.33
Columns	106
Mean single MFE	-30.71
Consensus MFE	-18.52
Combinations/base pair	36 / 30 = 1.20
SCI	0.6
z-score	-2.76
RNA class probability	0.927639

This structure is part of cluster 112633

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 106
 Columns: 106
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.33
 Mean single sequence MFE: -30.71
 Consensus MFE: -18.52
 Energy contribution: -20.14
 Covariance contribution:   1.62
 Mean z-score:  -2.76
 Structure conservation index:   0.60
 SVM decision value:   1.18
 SVM RNA-class probability: 0.927639
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/128566190-128566296
GGAGACAGAGUGGCAACUACUGCUGUCGCCUCCAAAAUACCAGUUGAGGUUUUCUCCUACUGUGGGGUUUAGAAACUAUUUCCAUUUCUAUUAUGCCUUUGUUUUG
((.(((((((((....).))).))))).))..((((((((((((.(((.....)))..)))).)((((.((((((.........))))))....)))).))))))) ( -28.60)
>mm5.chrX/40430900-40431006
GGAGACAGAGUGGCAACUUCUUCUCUAGCUUCCAAAAUACCAGUGGAGGUUUUCUUCUACUUCGGUAUUUGGAAACUAUUUGUAUUCCUAUUGUGCUUCUGUUUUG
.(((((((((..((((......(..(((.(((((((.((((((((((((....))))))))..))))))))))).)))...)........))))..))))))))). ( -32.14)
>rn3.chrX/134516920-134517026
GGAGACAGAGUGGCAGCUUCUUCUCUAGCUUCCAAAAUACCAGUGGAGGUUUUCCUCUACUUUGGUAUUUGGAAACUAUUUCUAUUCCUAUUGUGCUUCUGUUUUG
.((((((((..(((((((........)))(((((((.((((((((((((....)))))))..))))))))))))...................)))))))))))). ( -37.20)
>canFam1.chrX/103983570-103983675
AGAGACAGAGUGGCAACUGCUGCUGUUGCCUACAAAAUAACAGUUGAGGUUUUCUGCUGCUUUAGGGUUUCGAAACUAUUUCCAUUUUGAUUAUGUCUUUGUUUG
(((((((.(((((((((.......))))))..((((((((.((((..((..(((((......)))))..))..)))).))...))))))))).)))))))..... ( -24.90)
>consensus
GGAGACAGAGUGGCAACUUCUGCUCUAGCCUCCAAAAUACCAGUGGAGGUUUUCUUCUACUUUGGGAUUUGGAAACUAUUUCCAUUCCUAUUAUGCCUCUGUUUUG
.(((((((((.(((.............)))((((((.((((((((((((....))))))))..)))))))))).......................))))))))). (-18.52 = -20.14 +   1.62)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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