Structure #203591

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	133,029,338 - 133,029,436
Number of sequences	6
Organisms	human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish
Mean pairwise identity	66.86
Columns	114
Mean single MFE	-28.29
Consensus MFE	-13.79
Combinations/base pair	32 / 26 = 1.23
SCI	0.49
z-score	-2.16
RNA class probability	0.981125

This structure is part of cluster 113047

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 114
 Columns: 114
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  66.86
 Mean single sequence MFE: -28.29
 Consensus MFE: -13.79
 Energy contribution: -14.99
 Covariance contribution:   1.20
 Mean z-score:  -2.16
 Structure conservation index:   0.49
 SVM decision value:   1.88
 SVM RNA-class probability: 0.981125
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/133029338-133029436
CAAGAGAUUUGUUAUCCAAGAGUACUGGAAGUGCCCAUACUACAGUAGAGUCAUGCCAAAACUACCUGCACUAUGAGCACUUUGGUACUACUAGGACC
..............(((.(((((((..((.((((.((((...(((...(((.........)))..)))...)))).))))))..))))).)).))).. ( -26.10)
>mm5.chrX/45088023-45088122
CAAGACCUUGGUUGAUCCAGGAGUACUAGAAGUGCUCACACUGCAGUAGAGUGGUAUAAAAACUACCUGCACUAUGAGCACUUUGGCACUACUAGGAUC
...(((....)))(((((.(((((.(((((.(((((((.(.(((((....(((((......)))))))))).).)))))))))))).))).)).))))) ( -36.20)
>canFam1.chrX/107960148-107960250
CGUGCUAAGACUCGCUGUCCGAGGGUUACCGGAAGUGCCCACACUACAGUAGAGAAAAGCCCAGACUACCUGCACUGUGAGCACUUUGGUACCCCUCAGACC
...((........)).(((.(((((.(((((.((((((.((((...((((((.............))).)))...)))).))))))))))).))))).))). ( -35.52)
>galGal2.chr4/3781763-3781859
CGGGACGCACUUUAUCUAACAGUACUGUAAGUGCCCACAUUACAGUAGGUCCAAUGCCAAGCUACCUGCACUAUGAGCACUUUGAUACUGCUAGGA
..............((((.(((((....((((((...(((....((((((.....((...)).))))))...))).))))))...))))).)))). ( -22.00)
>fr1.chrUn/201471169-201471074
UAGGAGAGGUGCAUCUAGAAGUACUAGAAGUGCUCACACUGCAGUAGACCAUCAGUAACUACCUGCACUAUAAGCACUUUAAUACUGCUGAAACC
(((.((.(((((........))))).((((((((.....((((((((...........))).))))).....))))))))....)).)))..... ( -24.40)
>danRer1.chrNA/207236703-207236813
CAGAAAUCUUCGGAUCCCAGACGCAUUAAGCUAGAAGUACUUCAAGUGCUCACACUGCAGUAGAUGACAGAAAUACUACCUGCACUAUAAGCACUUUAGCACUGCUGAAA
..(..(((....)))..)....(((....(((((((....)))(((((((.....((((((((((.......)).))).))))).....)))))))))))..)))..... ( -25.50)
>consensus
CAGG______________AGACUCGUU_AUCC_AGGAGUACUGGAAGUGCCCACACUACAGUAGAGUCAAACAAAAACUACCUGCACUAUGAGCACUUUGGUACUGCUAAGACC
.............................(((.((.(((((((.((((((.((.....((((((.............))).))).....)).))))))))))))).)).))).. (-13.79 = -14.99 +   1.20) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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