Structure #203594

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	-
Position	133,029,338 - 133,029,436
Number of sequences	6
Organisms	human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish
Mean pairwise identity	66.86
Columns	114
Mean single MFE	-39.91
Consensus MFE	-32.76
Combinations/base pair	44 / 30 = 1.47
SCI	0.82
z-score	-4.45
RNA class probability	0.90314

This structure is part of cluster 113047

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 114
 Columns: 114
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  66.86
 Mean single sequence MFE: -39.91
 Consensus MFE: -32.76
 Energy contribution: -30.94
 Covariance contribution:  -1.83
 Mean z-score:  -4.45
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   1.03
 SVM RNA-class probability: 0.903140
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/133029436-133029338
GGUCCUAGUAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUGGCAUGACUCUACUGUAGUAUGGGCACUUCCAGUACUCUUGGAUAACAAAUCUCUUG
.((((.((.(((((..(((((((((((.(((((..((((.......))))...))))).)))))))))))...))))))).))))............. ( -37.60)
>mm5.chrX/45088122-45088023
GAUCCUAGUAGUGCCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUUAUACCACUCUACUGCAGUGUGAGCACUUCUAGUACUCCUGGAUCAACCAAGGUCUUG
(((((.((.(((((..(((((((((((.(((((.(((.............)))))))).)))))))))))...))))).)))))))............. ( -41.32)
>canFam1.chrX/107960250-107960148
GGUCUGAGGGGUACCAAAGUGCUCACAGUGCAGGUAGUCUGGGCUUUUCUCUACUGUAGUGUGGGCACUUCCGGUAACCCUCGGACAGCGAGUCUUAGCACG
.(((((((((.((((.(((((((((((.(((((.(((.............)))))))).)))))))))))..)))).))))))))).((........))... ( -51.32)
>galGal2.chr4/3781859-3781763
UCCUAGCAGUAUCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGCUUGGCAUUGGACCUACUGUAAUGUGGGCACUUACAGUACUGUUAGAUAAAGUGCGUCCCG
..((((((((((..(((((((((((.(((((.(((.((.......)).)))))))).)))))))))))...))))))))))............... ( -34.50)
>fr1.chrUn/201471074-201471169
GGUUUCAGCAGUAUUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUUACUGAUGGUCUACUGCAGUGUGAGCACUUCUAGUACUUCUAGAUGCACCUCUCCUA
(((.((((.((((((((((((((((((.(((((.(((...(....)..)))))))).))))))))))).))))))).)).))...)))....... ( -36.30)
>danRer1.chrNA/207236813-207236703
UUUCAGCAGUGCUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUAUUUCUGUCAUCUACUGCAGUGUGAGCACUUGAAGUACUUCUAGCUUAAUGCGUCUGGGAUCCGAAGAUUUCUG
....((.((((((.(((((((((((.(((((.(((............)))))))).)))))))))))..)))))).)).((.....))....(..(((....)))..).. ( -38.40)
>consensus
GGUCCUAGCAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUGGAUUGACUCUACUGCAGUGUGAGCACUUCCAGUACUCCU_AGAU_AACGAGUCU______________CCUG
.((((.((.(((((..(((((((((((.(((((.(((.............)))))))).)))))))))))...))))).)).))))............................ (-32.76 = -30.94 +  -1.83)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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