Structure #204944

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chrX
Strand	+
Position	151,028,615 - 151,028,747
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	76.57
Columns	143
Mean single MFE	-53.6
Consensus MFE	-40.36
Combinations/base pair	51 / 41 = 1.24
SCI	0.75
z-score	-4.49
RNA class probability	0.999613

This structure is part of cluster 113776

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 143
 Columns: 143
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  76.57
 Mean single sequence MFE: -53.60
 Consensus MFE: -40.36
 Energy contribution: -39.96
 Covariance contribution:  -0.40
 Mean z-score:  -4.49
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:   3.79
 SVM RNA-class probability: 0.999613
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chrX/151028615-151028747
UUGCCAAGAAGCACUCCAGUUGAGAACUGGAUUGAUGACCCCAGUGCAUAGCACAUAGCCCUGCCCAGUUCUUGCAGGCUAUAGGCUGCCCACUCCUGGUCCCAAUACAGGUCUCUCGGGGGUGCUUCUCAG
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>canFam1.chrX/123202784-123202917
UUGCCAAGAAGCACUCCAGUUGAGAAUUGGAUUGAUGACCCCAGUGAAUAGCACACAGCCUUGGCCAGUUCCCACAGGCUGCAGGCUGCCCACUCCUGGUUCCAAUACAGUUCUCUCAGGGAGUGCUUCCCAG
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>mm5.chrX/64003403-64003536
UUACCAAGAAGCACUCCAGUUGAGAAUUGUAUUGAUGACCCCAGUGAAUAGAACAUAGCCCUGCUGAGUUCCUGCGGGCUACAGGCUACUCACUUCUGGUCCCAAUACAGAUCUCUCAGGAAGUGCUUCUCAG
......(((((((((((....((((.((((((((..((((..(((((.(((....((((((.((.........))))))))....))).)))))...)))).)))))))).))))...)).)))))))))... ( -54.90)
>rn3.chrX/158478786-158478919
UUACCAAGAAGCACUCCAGUUGAGAAUUGGAUUGAUGACCCCAGUGAAUAGAGCAUAGCCCUGCUGAGUUCCUGCGGGCUACAGGCUGUUCACUUCUGGUCCCAAUACAGAUCUCUCAGGAAGUGCUUCCCAG
.......((((((((((....((((.(((.((((..((((..(((((((((....((((((.((.........))))))))....)))))))))...)))).)))).))).))))...)).)))))))).... ( -53.00)
>galGal2.chr4/80062114-80061974
UCAAGAACCGCUCCAGUCAAGACCUGAACUGGGAACCCCAGUAAGUAACACCCAGCCUCCUGAAGUGCUAUGGGGCUGCAUGCUACCCACUCCUGGUCCCAGCGCAGUUCUCUUGUGCAGCGUUUCUUCUGUCACUCCAC
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>consensus
UUACCAAGAAGCACUCCAGUUGAGAAUUGGAUUGAUGACCCCAGUGAAUAGCACAUAGCCCUGCCCAGUUCCUGCGGGCUACAGGCUGCCCACUCCUGGUCCCAAUACAGAUCUCUCAGGAAGUGCUUCU__________CAG
.......((((((((((....((((.(((.((((..((((..((((..((((...(((((.(((.........))))))))...))))..))))...)))).)))).))).))))...)).)))))))).............. (-40.36 = -39.96 +  -0.40)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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