Uni Wien

Lehrveranstaltung von Peter F. Stadler


Wintersemester 2005/2006

310043 Praktikum zu neuen Methoden in der Bioinformatik und Theoretischen Biologie
UE 4 Std.
Peter Stadler
Institut für Theoretische Chemie, Währinger Strasse 17, 1090 Wien, 3. Stock
pers. Anmeldung.
Kapitel 31.01, M206, M400
Studienprogrammleitung Molekulare Biologie
Blocklehrveranstaltung 19.9-26.9 2005 10:00-18:00

Inhalt

Einige wenige Transkripte haben (typischerweise) regulatorische Funktion auf RNA Ebene und kodieren dennoch für ein Protein. Das vermutlich am besten experimentell untersuchte Beispiel diese Klasse ist die SRA (Steroid Receptor Activator) RNA in Wirbeltieren. Im Rahmen der Übung sollen Methoden wie zB RNAz und RNA-docoder eingesetzt werden, um einige weiter Kandidaten im Detail zu studieren, die kürzlich in genom-weiten Studien von ncRNAs aufgefallen sind.

Protokolle sind bis Ende Oktober fällig.

Literatur

Chooniedass-Kothari S, Emberley E, Hamedani MK, Troup S, Wang X, Czosnek A, Hube F, Mutawe M, Watson PH, Leygue E.
The steroid receptor RNA activator is the first functional RNA encoding a protein.
FEBS Lett. 2004 May 21;566(1-3):43-7.

Lanz RB, Razani B, Goldberg AD, O'Malley BW.
Distinct RNA motifs are important for coactivation of steroid hormone receptors by steroid receptor RNA activator (SRA).
Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 10;99(25):16081-6.

Geneviève Girard, Andreas Roussis, Alexander P. Gultyaev, Cornelis W. A. Pleij, and Herman P. Spaink
Structural motifs in the RNA encoded by the early nodulation gene enod40 of soybean
Nucl. Acids Res. 2003 31: 5003-5015;

Washietl S, Hofacker IL, Stadler PF.
Fast and reliable prediction of noncoding RNAs.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Feb 15;102(7):2454-9.

Pedersen JS, Meyer IM, Forsberg R, Simmonds P, Hein J.
A comparative method for finding and folding RNA secondary structures within protein-coding regions.
Nucleic Acids Res. 2004 Sep 24;32(16):4925-36.