Lehrveranstaltung von Peter F. Stadler

Wintersemester 2011/2012

270151 Neue Entwicklungen in der RNA Bioinformatik

SE 2std.

Peter Stadler

Institut für Theoretische Chemie, Währinger Strasse 17, 1090 Wien, 3. Stock

pers. Anmeldung.

Kapitel 27.03; 44.01

Studienprogrammleitung Chemie

Die einzelnen Termine werden fortlaufend vereinbart

Inhalt

Im laufes des letzten Jahres wurden mehrere Arbeiten zu G-Quadruplexen auch in RNA veröffentlicht. Die genauere Analyse dieser Resulte zeigt, dass es relativ einfach möglich sein sollte, G-Quadruplexe in die RNA Faltungsalgorithmen zu integrieren. Im Laufes des Seminars soll eine praktikable Lösung dafür erarbeit und als Teil des Vienna RNA Package implementiert werden. Teilergebnisse, Probleme, und Verbesserungsvorschläge bilden den Inhalt der Seminar-Sessions.

Der Abschlussbericht ist bis Ende der Semesterferien fällig.

Material

Draft detailing the problem and providing first ideas	[PDF]
LaTeX source code	[directory]
A first version of an `ANSI C` code to iterate over all possible G quartets	[tgz]
Participants and tasks	[html ]
Papers	[link ]