806888 UE Praktikum Bioinformatik I

Vorbesprechung: im Rahmen der VO Bioinformatik I (war schon ;-)

ACHTUNG! Hier war bis vor kurzem ein falscher Termin zu sehen! Praktikum: Do 19.12., Fr 20.12., Sa 21.12. 2002 und Do 2.2., Fr 3.2. 2003 jeweils täglich ab 9:30 Übungsraum des Instituts Rennweg 95b, 1030 Wien EINGANG: Dr. Bohrg. 7, großes Gebäude im Hof.

Abschluss-Besprechung und Präsentation der Resultate
(Termin wird noch bekanntgegeben)
Computer-Praktikumsraum des Inst. f. Theoret. Chemie und Molekulare Strukturbiologie

Link zu den Protokollen 2001

Inhalt

Konservierte RNA Strukturen in negative-strängigen RNA Viren

Literatur

zum Beispiel folgende Preprints aus der Arbeitsgruppe.

01-11-067 [Abstract] [Postscript] [PDF]
Secondary Structure Prediction for Aligned RNA Sequences
Ivo L. Hofacker, Martin Fekete, Peter F. Stadler
submitted (2001)

01-08-040 [Abstract] [Postscript] [PDF]
Conserved RNA Secondary Structures in Picornaviridae Genomes
C. Witwer, S. Rauscher, I.L. Hofacker, P.F. Stadler
Nucleic Acids Res. in press (2001).

[78] 99-NN-13 [Postscript]
Conserved Secondary Structures in Hepatitis B Virus RNA
Roman Stocsits, Ivo L. Hofacker, Peter F. Stadler
Computer Science in Biology. Univ. Bielefeld, D. GCB'99 Proceedings, Hannover, 1999. Pages 73-79.

[70] 99-NN-002 [Abstract] [Postscript]
RNA in silico: The Computational Biology of RNA Secondary Structures
Christoph Flamm,Ivo L. Hofacker, Peter F. Stadler
Adv. Complex Syst. 2: 65-90 (1999)

[69] 98-06-008 [Abstract] [Postscript] (SFI 98-06-58)

Automatic Detection of Conserved Base Pairing Patterns in RNA Virus Genomes
Ivo L. Hofacker and Peter F. Stadler
Comp & Chem. 23: 401-414 (1999)

[61] 98-03-003 [Abstract ] [Postscript ]

Automatic Detection of Conserved RNA Structure Elements in Complete RNA Virus Genomes
Ivo L. Hofacker, Martin Fekete, Christoph Flamm, Martijn A. Huynen, Susanne Rauscher, Paul E. Stolorz, Peter F. Stadler
Nucl.Acids Res. 26: 3825-3836

[55] 96-12-01 [Abstract] [Postscript]
Secondary Structure of the 3'-Non-Coding Region of Flavivirus Genomes
Comparative Analysis of Base Pairing Probabilities
S. Rauscher, C. Flamm, C.W. Mandl, F.X. Heinz, P.F. Stadler
RNA 3: 779-791 (1997)

Useful Links

ICTV International Committee on Taxonomy of Viruses

Last modified: Tue Oct 29 22:19:32 CET 2002